يوجد العديد من الاسباب التي تسبب الالم بعد زراعة الاسنان، ومنها:

• التهاب اللثة، قد يحدث التهاب اللثة المحيطة بمكان الزرعة، حيث يمكن أن يسبب الم شديد وانتفاخ في المنطقة المجاورة للزرعة.
• التهاب العظم، يمكن ان يحدث التهاب في العظم المحيط بالزرعة ويعتبر هذا التهاب نادر، ولكن يمكن أن يسبب ألم شديد.
• عدم توافق الزرعة، قد يحدث عدم توافق بين الزرعة والأنسجة المحيطة، وذلك قد يؤدي إلى رد فعل تحسسي والتهاب، وهذا يسبب ألم شديد وانتفاخ في المنطقة المحيطة بالزرعة.
• إصابة الأعصاب، قد يحدث تلامس غير مرغوب بين الزرعة والأعصاب المحيطة، وقد يؤدي ذلك إلى تهيج الأعصاب مما يسبب ألم شديد، وقد يحدث ذلك نتيجة خطأ في وضع الزرعة أو بنية الفك الغير مناسبة.
• العدوى، قد تحدث عدوى في مكان الزرعة، ويمكن أن تسبب العدوى التورم والألم والحساسية في المنطقة المصابة.